Depuis le 1er septembre 2026, une même facture peut arriver deux fois : par courriel, puis par une plateforme agréée. Le guide de démarrage publié par l'administration fiscale dit quoi faire : comparer, désigner une facture de référence, marquer les autres exemplaires et garder la trace. Cette méthode ne dépend pas de votre plateforme. Elle dépend de la façon dont vos documents sont tenus.
« La facture du transporteur est arrivée par mail. Je la mets en paiement ? »
« Attends. Elle vient aussi d'arriver sur la plateforme. »
« C'est la même ? »
« Je crois. Le numéro est le même. Le montant aussi, je vérifie. »
C'est le genre d'échange que la réforme rend possible depuis la rentrée. Il pose une question simple : que faire d'une facture reçue deux fois ?
La réponse est dans le guide pratique publié en juillet 2026 par la Direction générale des Finances publiques. Oui, la facture se paie. Mais une seule fois. Et c'est à l'entreprise d'organiser ce « une seule fois », en rapprochant les deux exemplaires et en gardant la preuve qu'elle l'a fait. Comme pour tout traitement comptable ou fiscal, l'application à votre cas se valide avec votre expert-comptable.
D'où vient le double
Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA et établies en France doivent pouvoir recevoir des factures électroniques par une plateforme agréée. Mais toutes ne doivent pas encore en émettre. Les grandes entreprises et les ETI y sont tenues depuis cette date. Les PME et les micro-entreprises le seront au 1er septembre 2027.
Pendant cette période, les factures arrivent donc par plusieurs chemins. Le guide l'admet clairement (fiche 3) : une facture reçue par mail, en PDF ou sur papier « ne doit pas être écartée » pour cette seule raison. Elle peut être traitée et payée. Le fournisseur peut ensuite être invité à la renvoyer par le circuit électronique.
Résultat : le même document arrive une fois dans une boîte de réception, puis une fois dans un portail. Deux exemplaires, deux endroits, une seule dette. Et le premier exemplaire vit là où vivent déjà beaucoup de documents importants : dans les fils de courriels plutôt que dans l'espace partagé.
Comparer
La fiche 5 du guide traite exactement ce cas. Elle commence par une consigne de bon sens : une facture reçue deux fois ne doit pas bloquer tout le traitement. C'est d'abord « une situation de rapprochement ».
Rapprocher, c'est comparer. Le guide donne la liste : numéro de facture, fournisseur, client, date, montant hors taxe, montant de TVA, montant toutes taxes comprises, et les statuts du flux électronique quand ils existent. Si ces éléments concordent, il s'agit normalement de la même facture.
Désigner
Une fois le doublon établi, l'entreprise doit « désigner une facture de référence ». C'est sur cette seule pièce que se poursuivent la validation et le paiement.
Le mot est important. L'administration ne demande pas de savoir quel exemplaire est arrivé en premier. Elle demande de décider lequel fait foi dans l'entreprise, et de s'y tenir.
Marquer
Les autres exemplaires ne se suppriment pas. Ils se marquent « comme copies, doublons ou duplicatas ». Le guide précise : « Il ne s'agit pas de refuser la facture, mais d'éviter qu'elle soit traitée plusieurs fois. »
Côté fournisseur, la logique est la même (fiche 15). Un double envoyé par un autre canal « doit être clairement rattaché à la facture initiale ».
Garder la trace
Dernier geste, et c'est celui qu'on oublie : l'entreprise « conserve simplement la trace du rapprochement effectué ». Cette trace doit montrer pourquoi plusieurs exemplaires ont été reçus, et qu'une seule opération a été payée et comptabilisée.
Le guide revient plusieurs fois sur ce point. Une « simple déclaration d'intention ne suffit pas » : l'entreprise doit pouvoir produire « des éléments concrets, datés et cohérents » (fiche 27). Et parmi ce que l'administration regarde en cas de difficulté, elle cite « la qualité de la documentation conservée » (fiche 29). Le même texte précise qu'une difficulté réelle, documentée et corrigée ne donne pas lieu à une sanction automatique.
Reste à savoir qui, dans l'entreprise, tient cette trace. Dans une PME, la réponse n'a rien d'évident, comme nous l'avons vu en nous demandant à qui appartient le sujet des documents.
Ce que le guide laisse ouvert
Le guide décrit une méthode. Il ne dit pas combien d'entreprises reçoivent des factures en double, et nous n'avons trouvé aucune source publique qui le mesure. C'est un guide de démarrage : il peut évoluer. Il ne dit pas non plus avec quel outil faire le rapprochement. Il le confie à l'entreprise, « dans son système de traitement ».
La plateforme ne voit que ce qui passe par elle : l'exemplaire reçu par courriel n'y est jamais passé.
Une facture de référence, et une seule
La méthode du guide tient en quatre gestes. Chacun suppose que vos documents soient réunis, identifiés et tracés. C'est ce que fait MIKURA, pièce par pièce.
Chaque document déposé est lu, identifié, classé et tracé. Une facture est reconnue comme une facture, avec son fournisseur, son numéro, sa date et son montant. L'exemplaire reçu par courriel et celui récupéré sur la plateforme ne vivent plus dans deux endroits séparés. Ils se retrouvent au même endroit, sous le même fournisseur, et la comparaison que demande le guide devient simple.
Quand deux pièces se ressemblent, rien ne tranche à votre place : c'est une personne qui décide laquelle fait foi. Le fichier déposé n'est jamais modifié, et chaque classement s'inscrit au journal, avec qui l'a fait et quand. Pour savoir si cette trace suffit à votre cas, votre expert-comptable reste le bon interlocuteur.
Pourquoi est-ce la bonne réponse ? Parce que le guide ne pose pas une question de plateforme. Il pose la question que tout dirigeant finit par se poser devant ses fichiers : quand j'ai quatre fichiers qui se ressemblent, lequel fait foi ?
Un test pour cette semaine : reprenez les factures reçues par courriel depuis le 1er septembre. Pour chacune, pouvez-vous dire en moins d'une minute si elle est aussi arrivée par la plateforme, et laquelle a été payée ?
Sources
- Direction générale des Finances publiques, « Facturation électronique : guide pratique de démarrage au 1er septembre 2026 », juillet 2026, impots.gouv.fr, fiches 3, 5, 15, 27 et 29. Consulté le 28 septembre 2026.
- Ministère de l'Économie, « Tout savoir sur la facturation électronique pour les entreprises », economie.gouv.fr. Consulté le 28 septembre 2026.